重慶海關(guān)是長江上游第一關(guān)，始設(shè)于1891年，歷經(jīng)晚清、民國等重要歷史時期。1890年3月中英簽訂《煙臺條約續(xù)增專條》，重慶被迫辟為通商口岸。1891年3月1日，重慶對外開埠并設(shè)關(guān)?？箲?zhàn)期間，重慶成為國民政府的陪都和當時海關(guān)總稅務(wù)司署的所在地，重慶海關(guān)也一度成為當時全國最大的海關(guān)之一，先后在成都、萬縣等地設(shè)有分關(guān)，在貴陽、遵義、內(nèi)江、宜賓、涪陵等地設(shè)有支關(guān)和分卡。1950年初，政務(wù)院裁撤重慶海關(guān)。十一屆三中全會以后，為適應(yīng)改革開放的需要，1980年5月，國務(wù)院批準成立正處級的中華人民共和國重慶海關(guān)，關(guān)區(qū)范圍包括四川全省總面積56萬多平方公里。1984年7月，重慶海關(guān)升格為正廳級，下設(shè)成都分關(guān)。1989年7月成都海關(guān)直屬海關(guān)總署，重慶關(guān)區(qū)除重慶市外，還轄有川東和川南共58個縣（市），關(guān)區(qū)面積23萬平方公里。1997年3月，八屆全國人大五次會議通過設(shè)立重慶直轄市的決議，同年8月1日，海關(guān)總署調(diào)整重慶關(guān)區(qū)范圍為重慶市行政區(qū)劃，面積8.24萬平方公里。經(jīng)國家批準，重慶關(guān)區(qū)設(shè)有江北機場、寸灘港2個正式對外開放口岸和中鐵聯(lián)集鐵路中心站臨時開放口岸，設(shè)有重慶兩路寸灘保稅港區(qū)和西永綜合保稅區(qū)、江津綜合保稅區(qū)3個海關(guān)特殊監(jiān)管區(qū)域。2018年3月，十三屆全國人大一次會議審議通過《國務(wù)院機構(gòu)改革方案》，明確“原國家質(zhì)量監(jiān)督檢驗檢疫總局的出入境檢驗檢疫管理職責(zé)和隊伍劃入海關(guān)總署”。根據(jù)海關(guān)總署對重慶海關(guān)職能配置、內(nèi)設(shè)機構(gòu)和人員編制的批復(fù)，目前，重慶海關(guān)機構(gòu)改革工作已正式完成，現(xiàn)有正處級內(nèi)設(shè)機構(gòu)15個，正處級機構(gòu)3個，6個派駐紀檢組和12個正處級隸屬海關(guān)單位，關(guān)員共800余人。