2000年，杭州市九屆人大五次會(huì)議作出了《關(guān)于加快運(yùn)河綜合整治的決議》，決定對(duì)運(yùn)河(杭州段)進(jìn)行綜合整治。2002年，杭州市第九次黨代會(huì)把運(yùn)河(杭州段)綜合整治與保護(hù)開發(fā)列為城市建設(shè)“十大工程”之一。為加快京杭運(yùn)河（杭州段）的綜合整治與保護(hù)開發(fā)，2003年4月成立杭州市京杭運(yùn)河（杭州段）綜合整治和保護(hù)開發(fā)指揮部、杭州市運(yùn)河綜合保護(hù)開發(fā)建設(shè)集團(tuán)有限責(zé)任公司，實(shí)行“兩塊牌子、一套班子”。2007年，杭州市京杭運(yùn)河（杭州段）綜合整治和保護(hù)開發(fā)指揮部更名為杭州市京杭運(yùn)河（杭州段）綜合保護(hù)委員會(huì)。2014年，根據(jù)市委市政府統(tǒng)一部署，運(yùn)河綜保委（運(yùn)河集團(tuán)）啟動(dòng)了機(jī)構(gòu)和體制調(diào)整，以“事企分離，管辦分開”為原則，調(diào)整后，市運(yùn)河集團(tuán)為市政府直屬國(guó)有企業(yè)，納入國(guó)資委監(jiān)管體系。杭州市運(yùn)河綜合保護(hù)開發(fā)建設(shè)集團(tuán)有限責(zé)任公司為承擔(dān)政府重大專項(xiàng)任務(wù)的建設(shè)類公司，以實(shí)現(xiàn)社會(huì)效益為主要目標(biāo)，同時(shí)，以市場(chǎng)為導(dǎo)向，逐步開展資本運(yùn)作和資產(chǎn)經(jīng)營(yíng)活動(dòng)，增強(qiáng)企業(yè)造血、盈利能力，兼顧經(jīng)濟(jì)效益，實(shí)現(xiàn)國(guó)有資產(chǎn)保值增值。公司具體負(fù)責(zé)京杭運(yùn)河杭州主城區(qū)段沿岸的土地開發(fā)利用、公共配套設(shè)施建設(shè)、項(xiàng)目建設(shè)和運(yùn)營(yíng)管理，承擔(dān)京杭運(yùn)河杭州主城區(qū)段綜合整治與保護(hù)開發(fā)中相應(yīng)的資金保障，建設(shè)重點(diǎn)是城中村改造、污染企業(yè)搬遷和運(yùn)河水環(huán)境治理。同時(shí)，開展資本運(yùn)作和資產(chǎn)經(jīng)營(yíng)活動(dòng)，重點(diǎn)發(fā)展以旅游休閑、文化創(chuàng)意產(chǎn)業(yè)為主的現(xiàn)代服務(wù)業(yè)，逐步實(shí)現(xiàn)從單一建設(shè)類主體向復(fù)合建設(shè)經(jīng)營(yíng)類主體轉(zhuǎn)變。公司將以中央和省、市國(guó)有企業(yè)改革精神為指導(dǎo)，以企業(yè)可持續(xù)發(fā)展為目標(biāo)，以京杭運(yùn)河綜保規(guī)劃范圍為主戰(zhàn)場(chǎng)，實(shí)施“專項(xiàng)任務(wù)”與“投資經(jīng)營(yíng)”兩輪驅(qū)動(dòng)戰(zhàn)略，堅(jiān)持土地開發(fā)、旅游發(fā)展、產(chǎn)業(yè)投資等三項(xiàng)主營(yíng)業(yè)務(wù)，努力在京杭運(yùn)河綜保和企業(yè)經(jīng)營(yíng)上再創(chuàng)業(yè)績(jī)與效益，力爭(zhēng)把集團(tuán)打造成以旅游休閑、文化創(chuàng)意等現(xiàn)代服務(wù)業(yè)為主，集建設(shè)、投資、置業(yè)、經(jīng)營(yíng)、管理為一體的具有一定品牌和實(shí)力的綜合性實(shí)業(yè)公司。