嘉興市水利局與嘉興市杭嘉湖南排工程管理局合署辦公。嘉興市水利局是市政府主管水行政的職能部門，其主要職責(zé)是：(一)貫徹執(zhí)行《水法》、《水土保持法》、《防洪法》等法律、法規(guī)，研究制訂水利發(fā)展規(guī)劃和有關(guān)政策；組織制訂全市主要江河流域(區(qū)域)綜合規(guī)劃和有關(guān)專業(yè)規(guī)劃，并組織和監(jiān)督實施；研究起草有關(guān)水行政管理的規(guī)范性文件草案，經(jīng)審議通過組織實施。(二)統(tǒng)一管理全市水資源(含空中水、地表水、地下水)。組織擬定全市水資源開發(fā)、利用規(guī)劃和全市水資源供求計劃、水量分配方案并監(jiān)督實施；組織有關(guān)國民經(jīng)濟總體規(guī)劃、城市規(guī)劃及重大建設(shè)項目的水資源和防洪的論證工作；實施取水許可制度和水資源費征收制度；負(fù)責(zé)全市水資源監(jiān)測和調(diào)查評估；發(fā)布全市水資源公報；組織實施水文測報；指導(dǎo)全市水文工作。(三)組織、指導(dǎo)和監(jiān)督全市節(jié)約用水工作，擬定節(jié)約用水政策，編制節(jié)約用水規(guī)劃，制定有關(guān)標(biāo)準(zhǔn)；組織水功能區(qū)的劃分和向飲水區(qū)等水域的排污控制；監(jiān)督全市污水處理工作；監(jiān)測江河湖水量、水質(zhì)，審定水域納污能力，并將有關(guān)數(shù)據(jù)和情況通報市環(huán)境保護(hù)局。(四)組織、指導(dǎo)水政監(jiān)察和水政執(zhí)法，協(xié)調(diào)并仲裁部門之間和地區(qū)之間的水事糾紛。(五)組織、協(xié)調(diào)、監(jiān)督、指導(dǎo)全市防汛防旱工作和水土保持工作，負(fù)責(zé)市政府防汛防旱指揮部和市水土保持委員會的日常工作；指導(dǎo)全市城市防洪工作。(六)編制、審查全市水利基建項目建議書和可行性報告；組織水利科學(xué)研究和技術(shù)推廣；組織、指導(dǎo)和監(jiān)督水利行業(yè)技術(shù)質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)水利工程的規(guī)程、規(guī)范、定額的執(zhí)行。(七)組織、指導(dǎo)水利設(shè)施、河道、湖泊、海堤、灘涂、水域及其岸線的管理與保護(hù)；組織、指導(dǎo)河道、湖泊及灘涂的綜合治理與開發(fā)；組織建設(shè)和管理重要水利工程。(八)指導(dǎo)全市農(nóng)村水利工作；組織協(xié)調(diào)農(nóng)田水利基本建設(shè)、農(nóng)村水利現(xiàn)代化和鄉(xiāng)鎮(zhèn)供水工作。(九)負(fù)責(zé)水利科技、信息、教育和對外合作工作；指導(dǎo)全市水利隊伍建設(shè)，制訂行業(yè)人才培養(yǎng)規(guī)劃；指導(dǎo)水利行業(yè)多種經(jīng)營工作；監(jiān)管局直屬單位的水利國有資產(chǎn)。(十)承辦市政府交辦的其他事項。嘉興市杭嘉湖南排工程管理局主要職責(zé)是承擔(dān)南排工程河道的管理、清障、維護(hù)及受托開展水政執(zhí)法，維護(hù)南排工程樞紐設(shè)施的正常運行。