舟山市審計局組建于1984年9月。下轄定海、普陀、岱山、嵊泗4個縣（區(qū)）審計局，內(nèi)設(shè)辦公室、組織人事處、法規(guī)處（審計整改督查處）、財政金融審計處、經(jīng)貿(mào)企業(yè)審計處、固定資產(chǎn)投資審計處、行政事業(yè)審計處、經(jīng)濟(jì)責(zé)任審計處、直屬審計分局、計算機(jī)審計中心和政府投資項目審計中心。2017年12月末，全市審計機(jī)關(guān)行政（事業(yè)）總編制人數(shù)119名，其中：行政編制人員83名，事業(yè)編制人員36名。根據(jù)《中共浙江省委辦公廳、浙江省人民政府辦公廳印發(fā)〈關(guān)于創(chuàng)新浙江舟山群島新區(qū)行政體制的意見〉的通知》（浙委辦發(fā)〔2013〕57號），設(shè)立舟山市審計局。市審計局是主管新區(qū)（市）審計工作的市政府工作部門，其主要職責(zé)：（一）負(fù)責(zé)對市級財政收支和法律法規(guī)規(guī)定屬于審計監(jiān)督范圍的財務(wù)收支的真實、合法和效益進(jìn)行審計監(jiān)督。對審計、專項審計調(diào)查和核查社會審計機(jī)構(gòu)相關(guān)審計報告的結(jié)果承擔(dān)責(zé)任，督促被審計單位整改。（二）起草有關(guān)審計行政管理的規(guī)范性文件草案，經(jīng)批準(zhǔn)后組織實施。擬訂并組織實施新區(qū)（全市）審計工作發(fā)展規(guī)劃和專業(yè)領(lǐng)域?qū)徲嫻ぷ饕?guī)劃，制定并組織實施年度審計計劃。參與起草財政經(jīng)濟(jì)及其相關(guān)的規(guī)范性文件草案。對直接審計、調(diào)查和核查的事項依法進(jìn)行審計評價，做出審計決定或提出審計建議。（三）負(fù)責(zé)向市政府和省審計廳提出年度市級預(yù)算執(zhí)行和其他財政收支情況的審計結(jié)果報告。受市政府委托向市人大常委會提出市級預(yù)算執(zhí)行和其他財政收支情況的審計工作報告、審計發(fā)現(xiàn)問題的糾正和處理結(jié)果報告。向市政府報告對其他事項的審計和專項審計調(diào)查情況及結(jié)果。依法向社會公布審計結(jié)果。向市政府有關(guān)部門和縣（區(qū)）人民政府通報審計情況和審計結(jié)果。（四）負(fù)責(zé)直接審計下列事項，出具審計報告，在法定職權(quán)范圍內(nèi)做出審計決定或向有關(guān)主管機(jī)關(guān)提出處理處罰的建議：1．市級預(yù)算執(zhí)行情況和其他財政收支，市級各部門（含直屬單位）預(yù)算的執(zhí)行情況、決算和其他財政收支。2．縣（區(qū)）人民政府預(yù)算的執(zhí)行情況、決算和其他財政收支，市級財政轉(zhuǎn)移支付資金。3．使用市級財政資金的市級事業(yè)單位和社會團(tuán)體的財務(wù)收支。4．市級投資和以市級投資為主的建設(shè)項目的預(yù)算執(zhí)行情況和決算。5．市級國有企業(yè)和金融機(jī)構(gòu)、新區(qū)管委會和市政府規(guī)定的市級國有資本占控股或主導(dǎo)地位的企業(yè)和金融機(jī)構(gòu)的資產(chǎn)、負(fù)債和損益。6．市政府部門管理的和受市政府及其部門委托由其他單位管理的社會保障基金、社會捐贈資金及其他有關(guān)基金、資金的財務(wù)收支。7．國際組織和外國政府援助、貸款項目的財務(wù)收支。8．法律、行政法規(guī)規(guī)定應(yīng)由市審計局審計的其他事項。（五）負(fù)責(zé)按規(guī)定對市管領(lǐng)導(dǎo)干部及依法屬于市審計局審計監(jiān)督對象的其他單位主要負(fù)責(zé)人實施經(jīng)濟(jì)責(zé)任審計。（六）組織實施對國家財經(jīng)法律、法規(guī)、規(guī)章、政策和宏觀調(diào)控措施執(zhí)行情況、財政預(yù)算管理和專項資金使用以及國有資產(chǎn)管理使用等與市級財政收支有關(guān)的特定事項，進(jìn)行績效審計和專項審計調(diào)查。（七）依法檢查審計決定執(zhí)行情況，督促糾正和處理審計發(fā)現(xiàn)的問題，依法辦理被審計單位對審計決定提請行政復(fù)議、行政訴訟或市政府裁決中的有關(guān)事項。協(xié)助配合有關(guān)部門查處相關(guān)重大案件，巡視、檢查經(jīng)濟(jì)工作的有關(guān)情況。（八）指導(dǎo)和監(jiān)督內(nèi)部審計工作，核查社會審計機(jī)構(gòu)對依法屬于審計監(jiān)督對象的單位出具的相關(guān)審計報告。（九）與縣（區(qū)）人民政府共同領(lǐng)導(dǎo)當(dāng)?shù)貙徲嫏C(jī)關(guān)。依法領(lǐng)導(dǎo)和監(jiān)督縣（區(qū)）審計機(jī)關(guān)的業(yè)務(wù)，組織縣（區(qū)）審計機(jī)關(guān)實施特定項目的專項審計或?qū)徲嬚{(diào)查，糾正或責(zé)成糾正縣（區(qū)）審計機(jī)關(guān)違反國家規(guī)定做出的審計決定。按照干部管理權(quán)限協(xié)管縣（區(qū)）審計機(jī)關(guān)負(fù)責(zé)人。（十）承擔(dān)省審計廳授權(quán)的審計事項。（十一）承辦新區(qū)黨工委、管委會和市委、市政府交辦的其他事項。