舟山市港航管理局主要職責：（一）貫徹執(zhí)行國家、省、市有關水路運輸、港口、航道、水路交通建設、船舶檢驗、水路規(guī)費稽征管理的法律、法規(guī)、規(guī)章及方針、政策；參與起草或制定有關規(guī)范性文件和政策，并組織實施。（二）負責編制新區(qū)（全市）港口、航運、航道、港口物流及水路交通建設等發(fā)展規(guī)劃；按分工負責規(guī)劃的實施工作。（三）負責新區(qū)（全市）港口行政管理工作。負責對港口規(guī)劃建設、岸線使用及經營行為等實施監(jiān)督管理；負責港口企業(yè)安全生產行業(yè)管理；負責對港口設施保安工作的監(jiān)督管理；負責調度配置港口公共服務資源和港航應急指揮。（四）負責新區(qū)（全市）水路貨物運輸行業(yè)管理工作。負責水路貨物運輸市場的經營資質、經營行為的監(jiān)督管理,維護水路貨物運輸市場秩序；負責水路貨運企業(yè)安全生產行業(yè)管理；負責協(xié)調國家重點物資、軍事和搶險救災物資的運輸；負責船舶交易行業(yè)管理；協(xié)助開展國際海運及輔助業(yè)管理等。（五）負責新區(qū)（全市）航道管理工作。負責航道及航道設施的建設、養(yǎng)護管理和保護工作；制定并組織實施新區(qū)（全市）航道養(yǎng)護計劃等。（六）負責新區(qū)（全市）水運建設市場（不含陸島交通碼頭）監(jiān)督管理。負責港口、航道基礎性設施建設管理；對水運工程建設和監(jiān)理市場秩序、工程質量及安全等實施監(jiān)督。（七）按照審批權限負責新區(qū)（全市）港航行政許可和非行政許可的審批及轉報；負責港航綜合執(zhí)法工作。（八）負責新區(qū)（全市）港航非稅征收管理工作。對港口、航運企業(yè)經營性收費進行監(jiān)督管理。（九）負責港航項目招商引資工作。負責新區(qū)（全市）港航對外合作以及涉外交流活動；牽頭負責國際物流樞紐島及“三位一體”港航服務體系建設工作。（十）負責港口岸線儲備及港口項目開發(fā)前期工作。（十一）負責港航信息化建設；負責港口和航運行業(yè)統(tǒng)計及信息匯總上報工作。（十二）負責對港口引航、船舶檢驗機構的行政管理。（十三）承辦新區(qū)黨工委、管委會和市委、市政府交辦的其他事項。