1988年3月成立舟山市住房制度改革領(lǐng)導(dǎo)小組。1992年8月建立舟山市住房基金管理中心，與舟山市住房制度改革辦公室實(shí)行二塊牌子一套班子1997年9月撤銷舟山市住房制度改革領(lǐng)導(dǎo)小組，成立舟山市住房委員會(huì)，1999年9月舟山市住房基金管理中心更名為舟山市住房資金管理中心，同時(shí)增掛舟山市住房公積金管理中心，實(shí)行二塊牌子一套班子，行政隸屬舟山市城建委，負(fù)責(zé)全市住房制度改革及住房資金（公積金）的管理。2003年7月，撤銷舟山市住房資金管理中心，設(shè)立舟山市住房公積金管理中心。 2014年2月，根據(jù)《中共浙江省委辦公廳、浙江省人民政府辦公廳印發(fā)<關(guān)于創(chuàng)新浙江舟山群島新區(qū)行政體制的意見>的通知》（浙委辦發(fā)[2013]57號(hào)），舟山市住房公積金管理中心為市政府直屬的相當(dāng)于副縣（處）級(jí)事業(yè)單位，參照《國(guó)家公務(wù)員法》管理。其主要職責(zé)：（一）貫徹執(zhí)行國(guó)家和省有關(guān)住房公積金管理的法律、法規(guī)和政策，具體落實(shí)市住房公積金管理委員會(huì)的決策和決定。（二）統(tǒng)一管理新區(qū)（全市）住房公積金；監(jiān)督檢查新區(qū)（全市）住房公積金法律法規(guī)執(zhí)行情況；依法查處各種違法違規(guī)行為。（三）負(fù)責(zé)新區(qū)（全市）住房公積金的核算，編制、執(zhí)行新區(qū)（全市）住房公積金的歸集、使用計(jì)劃。（四）負(fù)責(zé)新區(qū)（全市）住房公積金的歸集，審核住房公積金的提取、使用，記載新區(qū)（全市）職工住房公積金的繳存、提取、使用等情況。（五）負(fù)責(zé)新區(qū)（全市）住房公積金的保值和歸還。（六）負(fù)責(zé)單位住房公積金緩繳和降低住房公積金繳存比例申請(qǐng)的審核；負(fù)責(zé)向全社會(huì)公布新區(qū)（全市）住房公積金年度公報(bào)。（七）管理、指導(dǎo)和協(xié)調(diào)各縣（區(qū)）住房公積金管理分中心的工作，并實(shí)行統(tǒng)一決策、統(tǒng)一制度、分級(jí)核算、分級(jí)考核。（八）承辦新區(qū)黨工委、管委會(huì)和市委、市政府以及市住房公積金管理委員會(huì)交辦的其他事項(xiàng)。