2013年8月，根據(jù)《中共浙江省委辦公廳浙江省人民政府辦公廳印發(fā)〈關于創(chuàng)新浙江舟山群島新區(qū)行政體制的意見〉的通知》（浙委辦發(fā)〔2013〕57號）和《中共舟山市委辦公室舟山市人民政府辦公室關于浙江舟山群島新區(qū)（舟山市）事業(yè)機構設置與調整的通知》（舟委辦發(fā)〔2013〕58號），設立舟山市大橋建設管理局，為相當于正縣（處）級事業(yè)單位，由市交通運輸局管理。將六橫跨海大橋建設指揮部、市大陸連島工程指揮部職責整合到舟山市大橋建設管理局。舟山跨海大橋管理局與舟山市大橋建設管理局合署辦公。2013年10月，根據(jù)舟山市人民政府辦公室關于印發(fā)《舟山市大橋建設管理局（舟山跨海大橋管理局）主要職責內設機構和人員編制規(guī)定》的通知（舟政辦發(fā)〔2013〕152號）和2014年1月20日舟山市機構編制委員會《關于舟山市交通運輸局事業(yè)單位清理規(guī)范方案的批復》（舟編[2014]18號），舟山市大橋建設管理局（舟山跨海大橋管理局）內設辦公室、財務與審計處、技術業(yè)務處、項目前期處、工程綜合處、安全管理處（征遷協(xié)調處）、執(zhí)法協(xié)調處和監(jiān)控指揮處。舟山市大橋建設管理局（舟山跨海大橋管理局）主要職責是：（一）負責市級大橋建設規(guī)劃研究，對大橋建設必要性和可能性進行分析，為新區(qū)管委會和市政府決策提供依據(jù)。（二）負責市級擬建大橋和受委托大橋及代建大橋項目建議書、可行性研究報告、相關專題研究報告等的編制和報批。（三）負責制定市級擬建大橋和受委托大橋及代建大橋建設總體目標、方案，并組織實施；負責市級擬建大橋和受委托大橋及代建大橋工程建設管理，確保工程建設的質量、進度和安全，控制工程造價；組織實施項目招投標工作；負責項目科研及新技術、新工藝、新設備、新材料在工程建設中的開發(fā)與應用；負責工程交、竣工驗收和項目后評價準備工作。（四）負責市級擬建大橋和受委托大橋及代建大橋科研平臺的搭建。（五）負責縣（區(qū)）重要大橋前期和建設期的技術指導和服務工作。（六）受委托負責市級已運營大橋安全和養(yǎng)護工作的綜合協(xié)調和監(jiān)管。根據(jù)《舟山跨海大橋管理暫行辦法》（舟山市人民政府第30號令），負責舟山跨海大橋的管理工作。（七）承辦新區(qū)黨工委、管委會和市委、市政府及市交通運輸局交辦的其他事項。2013年11月5日，舟山市大橋建設管理局（舟山跨海大橋管理局）在雙橋舉行了掛牌儀式正式開始運作。